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Il est possible de conduire un réacteur biologique de manière à ce que les micro-organismes réagissent selon un schéma prédéfini pour assurer un traitement optimal des effluents. L'application d'algorithmes de commande et l'utilisation de matériel électronique modulaire autonome, pour la surveillance de certains paramètres fondamentaux des procédés de dépollution permet :
Le contrôle et la commande des procédés biologique de dépollution permet d'améliorer les performances de traitement et la stabilité des réacteurs. Le problème principal étant celui de l'atténuation des perturbations dues aux phénomènes biologiques ou aux fortes perturbations en entrée.
La visualisation des données peut se faire sur le site, sur le moniteur vidéo, avec synoptique de l'installation et visualisation en temps réel du déroulement des différentes fonctions et aussi à distance : par liaison téléphonique et modem.
Des actions télécommandées peuvent permettre de modifier des paramètres de base, en fonction de l'interprétation des mesures transmises par le site surveillé, si le logiciel n'est pas en mesure de les corriger lui-même et de transmettre des actions à effet physique (ouverture ou fermeture d'une vanne ou mise en marche ou arrêt d'une fonction motrice).