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Les bactéries peuvent éliminer les matières organiques présentes dans l'eau. Ce substrat constitue pour les bactéries une source de carbone et d'énergie. Ainsi elles assimilent la matière organique pour y puiser l'énergie nécessaire à leur croissance.
Le traitement biologique des eaux usées consiste à mettre en contact la pollution avec une population de micro-organismes pendant un temps suffisamment long qui permettra aux bactéries de consommer la matière organique essentiellement sous forme dissoute.
Des conditions particulières de développement des micro-organismes doivent être mises en place afin de retenir les bactéries avant le rejet des eaux traitées. Les bactéries peuvent être retenues à la sortie du réacteur par décantation, aéroflottation, centrifugation... et à l'intérieur du réacteur par fixation sur des supports ou granulation des boues anaérobies par exemple. L'épuration biologique des eaux usées va donc être un véritable transfert de matière d'une forme non-préhensible (soluble) sous une forme préhensible (matière vivante insoluble) qui pourra être facilement séparée par des moyens physico-chimiques. Ainsi on distinguera la fraction de DCO soluble éliminée, transformée en biogaz en anaérobie et la fraction solide (boues biologiques) qui constitue le déchet de l'épuration.